一、與光學(xué)顯微鏡及透射電鏡相比，掃描電鏡的特點(diǎn)有：
1、可以直接觀(guān)察樣品的表面結(jié)構(gòu)，并且能夠從各種角度對(duì)樣品進(jìn)行觀(guān)察。樣品的尺寸可以大到120mm×80mm×50mm。
2、樣品的制備過(guò)程較簡(jiǎn)單，不需要切成薄片。
3、圖像具有立體感。掃描電鏡的景深比光學(xué)顯微鏡的大幾百倍。
4、分辨率較高，圖像放大的范圍廣?？煞糯蟮绞畮妆兜綆资f(wàn)倍，它基本包括了從放大鏡、光學(xué)顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。其分辨率介于光學(xué)顯微鏡與透射電鏡之間，可達(dá)3nm。
5、電子束對(duì)樣品的損傷和污染程度都比較小。
6、在觀(guān)察形貌的同時(shí)，還能夠利用從樣品發(fā)出的其他信號(hào)對(duì)微區(qū)成分進(jìn)行分析。
二、原子力顯微鏡
?跟掃描電子顯微鏡相比，原子力顯微鏡擁有很多優(yōu)點(diǎn)。首先原子力顯微鏡能夠提供三維的表面圖，而且不需要對(duì)樣品做任何其他處理，如鍍銅或碳，這種處理可能會(huì)對(duì)樣品造成不可逆轉(zhuǎn)的傷害。其次，電子顯微鏡是需要在高真空的條件下運(yùn)行，原子力顯微鏡不僅能夠在常壓下正常工作，在液體環(huán)境下也可以保持良好工作?？捎脕?lái)研究生物的宏觀(guān)分子，甚至是活的生物組織。
三、掃描隧道顯微鏡
1、高分辨率的掃描隧道顯微鏡擁有原子級(jí)的空間分辨率，其橫向的空間分辨率為 l，縱向的分辨率達(dá)0.1，
2、掃描隧道顯微鏡可以直接探測(cè)樣品的表面結(jié)構(gòu)，能夠繪制出立體的三維結(jié)構(gòu)圖像。
3、掃描隧道顯微鏡可以在真空，常壓，空氣，甚至是溶液中探測(cè)物質(zhì)的結(jié)構(gòu)。因?yàn)闊o(wú)高能電子束(如輻射， 熱損傷等)，所以不會(huì)對(duì)表面造成破壞。因此能夠?qū)ι頎顟B(tài)下生物大分子以及活細(xì)胞膜表面的結(jié)構(gòu)進(jìn)行研究，樣品不會(huì)受到損傷而保持完好。
4、掃描隧道顯微鏡掃描的速度非?？?，成像也快并且獲取數(shù)據(jù)的時(shí)間短，有可能會(huì)用于開(kāi)展生命過(guò)程的動(dòng)力學(xué)研究。
5、不需要任何透鏡，體積小，有人會(huì)稱(chēng)其為"口袋顯微鏡"。
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