一、與光學顯微鏡及透射電鏡相比，掃描電鏡的特點有：
1、可以直接觀察樣品的表面結(jié)構，并且能夠從各種角度對樣品進行觀察。樣品的尺寸可以大到120mm×80mm×50mm。
2、樣品的制備過程較簡單，不需要切成薄片。
3、圖像具有立體感。掃描電鏡的景深比光學顯微鏡的大幾百倍。
4、分辨率較高，圖像放大的范圍廣?？煞糯蟮绞畮妆兜綆资f倍，它基本包括了從放大鏡、光學顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。其分辨率介于光學顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。
5、電子束對樣品的損傷和污染程度都比較小。
6、在觀察形貌的同時，還能夠利用從樣品發(fā)出的其他信號對微區(qū)成分進行分析。
二、原子力顯微鏡
?跟掃描電子顯微鏡相比，原子力顯微鏡擁有很多優(yōu)點。首先原子力顯微鏡能夠提供三維的表面圖，而且不需要對樣品做任何其他處理，如鍍銅或碳，這種處理可能會對樣品造成不可逆轉(zhuǎn)的傷害。其次，電子顯微鏡是需要在高真空的條件下運行，原子力顯微鏡不僅能夠在常壓下正常工作，在液體環(huán)境下也可以保持良好工作?？捎脕硌芯可锏暮暧^分子，甚至是活的生物組織。
三、掃描隧道顯微鏡
1、高分辨率的掃描隧道顯微鏡擁有原子級的空間分辨率，其橫向的空間分辨率為 l，縱向的分辨率達0.1，
2、掃描隧道顯微鏡可以直接探測樣品的表面結(jié)構，能夠繪制出立體的三維結(jié)構圖像。
3、掃描隧道顯微鏡可以在真空，常壓，空氣，甚至是溶液中探測物質(zhì)的結(jié)構。因為無高能電子束(如輻射， 熱損傷等)，所以不會對表面造成破壞。因此能夠?qū)ι頎顟B(tài)下生物大分子以及活細胞膜表面的結(jié)構進行研究，樣品不會受到損傷而保持完好。
4、掃描隧道顯微鏡掃描的速度非?？?，成像也快并且獲取數(shù)據(jù)的時間短，有可能會用于開展生命過程的動力學研究。
5、不需要任何透鏡，體積小，有人會稱其為"口袋顯微鏡"。
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